La séance dure en général 1 heure, dont 45 minutes dans l’eau.
Il est conseillé d'effectuer une séance ostéopathique classique, sur table (au moins 15 jours avant) avant une séance d'ostéopathie aquatique. Il est en effet important afin de tester les origines posturales (vue, pieds) et évaluer le profil psychologique du patient.
Le patient, en maillot de bain, est pendant la séance, maintenu allongé à la surface de l’eau par des flotteurs, un sous la tête et un sous chaque cheville. Il a les oreilles dans l’eau, n’entend plus rien, ferme les yeux et se détend.
Dans l’eau, les points fixes et mobiles sont inversés, c’est le patient qui bouge autour du praticien. Une correction effectuée sur une partie du corps, aura des répercutions immédiates sur l’ensemble du corps.
Les manipulations dans l’eau, beaucoup plus douces qu’en ostéopathie classique, sont tout aussi efficaces car l’ostéopathe se sert du relâchement tissulaire que procure l’eau chaude.